生物肥料生产企业发展太快、太多，但大多是小企业。它们是车间式生产，设备技术落后，员工素质低。因此，生物肥料产品质量参差不齐，产品成分不科学。
其种类繁多，但大多仍是传统的固氮、解磷、解钾细菌。其中一些甚至使用酵母，缺乏新的和有效的产品。菌株的靶效不稳定，配方不合理，抗性差。
它本身的基础研究和应用研究还不够，研究人员相对不足。其作用机理尚不清楚，对土壤和作物的影响有待进一步研究。基础研究严重滞后于实际生产，生物肥料推广未能遵循试验、示范、推广的程序。
缺乏必要的市场监督管理条件，少数企业在宣传中夸大使用效果，使用不当的管理手段，甚至生产假冒伪劣产品，给农民造成损失。管理不够规范。许多未注册的企业或产品，甚至假冒伪劣产品，仍在大力宣传、生产、销售，夸大生物肥料的作用。
