生物有机肥中含有大量有益微生物，能分解土壤中的有机质，增加土壤团聚体结构，改善土壤组成。微生物在土壤中生长得很快，就像一张看不见的网，错综复杂。微生物死亡后，土壤中会留下许多微管。
这些微管不仅增加了土壤的渗透性，而且使土壤蓬松柔软，养分和水分不易流失，增加了土壤的水肥储存能力，避免和消除了土壤硬化。土壤中的有机质能改善土壤理化性质，使土壤更好地耕作，增强渗水能力。
提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防涝能力，增产显著，是化肥不可替代的。生物有机肥中的有益微生物还可以控制有害细菌的繁殖，从而减少农药的使用。
如果连续使用多年，可有效控制土壤中的有害生物，节省劳动力和污染。有机肥中的微生物具有很强的生命力，能在土壤中长期存活。固氮菌、溶磷菌、释钾菌能利用空气中的氮，释放土壤中不易被作物吸收的钾、磷，持续供应作物养分。
