有机肥的优点是它含有多种养分，具有多种大而微量的全肥元素，并含有维生素等活性物质，突出的特点是能增加和补充土壤有机质。土壤中的有机质能改善土壤的理化性质，使土壤更好地耕作，增强渗水能力，提高土壤蓄水，是化肥不可替代的。
此外，有机肥能提供作物所需的营养，保护作物的根茎，增强作物的抗病、抗旱、抗涝能力，提高作物产量，提高食品的安全性和绿色性。随着我国农牧业的快速发展，有机废弃物的产生量逐年增加，有机肥中所含的大量养分资源是宝贵的。
但有机废弃物的空间分布不平衡，主要分布在我国种植业和养殖业发达的地区。从世界上英、法、日等国的成功经验来看，他们从上世纪七八十年代开始减少农药和化肥的使用，虽然化肥和农药的使用量大大减少，但粮食产量却有所增加。
同时，在部分主产区对玉米、小麦、水稻等主要作物进行的试验也表明，土壤-作物系统综合治理和有机无机技术的应用，在不增加或减少化肥用量的情况下，可以提高肥料利用率，达到国际先进水平。
