生物肥可以提高土壤肥力，是其主要功能。例如，各种固氮细菌肥料可以增加土壤中氮的来源。磷钾溶菌肥能溶解土壤中不溶性磷、钾，增加土壤中磷(P)和钾(K)的来源。此外，还可以促进作物生长，提高农产品质量。各种生物肥料在施用土壤时，可以产生不同的生长激素，刺激作物生长。
例如，“5406”放线菌生物肥不仅能拮抗病原菌，预防病害和强细菌，还能分泌细胞分裂素促进作物生长。真菌生物肥不仅对作物吸收磷、锌、铜等矿物质元素有较强的辅助作用，而且能增强作物的吸水性和保水性，提高作物抗旱能力。
由于生物肥料能够生产和帮助作物吸收和利用各种营养元素，因此可以大大地提高农产品的质量。它可以改变化肥施用引起的“瓜不香、水果不甜、茶无味”的现状，各项指标均符合绿色食品标准。
从该肥料的作用模式可以看出，它不能直接提供作物吸收的养分，而是通过土壤中大量活微生物的活性活动产生的。帮助作物吸收营养物质或产生生长激素来刺激作物生长，这与化肥有本质的不同。
此外，生物肥所提供的肥料效率不能满足作物生长的养分要求。因此，认为它可以替代化肥是一种误解。它没有环境污染，有利于保护生态环境。此外，化肥对该肥的某些功能和生态效益是不可替代的。
